Катонқарағай ауданының аумағында ерекше қорғалатын табиғи аумақ (ұлттық парк) құру идеясы, сонау 80 жылдардың соңына қарай геологиялық түсіру жұмыстары жүргізіліп, нәтижесінде тантал мен литий кен орындарының Ақ-Алахиндік тобы ашылған кезде туындаған.
Қазақстан Республикасы зиялы қауымының алдыңғы қатарлы өкілдері 90 жылдардың соңында газет беттеріне және Қазақстан Республикасы Үкіметі мен Парламентіне қылқан жапырақтылардың бақылаусыз кесіліп жатқандығы және олардың облыс пен республикадан тыс жерлерге тасылуына байланысты, Катонқарағай ауданында ерекше қорғалатын табиғи аймақ құру (ЕҚТА) қажет екендігі туралы өз пікірлерін әлденеше рет жеткізді.
Бұл аймақтың табиғат кешендерінің антропогендік әсерге көп шалынбай, жақсы сақталуы дәл осы жерде ерекше қорғалатын табиғи аумақ құрудың алғы шарты болып табылды. Сонымен қатар бұл жерде биологиялық әртүрлілік пен генетикалық ресурстардың жоғарғы деңгейде сақталғандығы байқалады. Мұнда Халықаралық Табиғатты Қорғау Одағының (ХТҚО) және Қазақстан Республикасының Қызыл кітабына енгізілген сирек және жойылып бара жатқан өсімдіктер мен жануарлардың мекен ету ортасы бар.
Табиғи және тарихи-мәдени объектілердің көп болуы, сонымен бірге өзге де Ресей, Монғолия және Қытайдың ерекше қорғалатын табиғи аумақтарының шекаралас орналасуы аумақтың рекреациялық әлеуетін жоғарлатады. Осының барлығы Катонқарағай ауданында ұлттық табиғи паркті құрудың алғышарты болды. Мұнда «Рахман Қайнары» ботаника-геологиялық қорықшасының бұрыннан болуы, ЕҚТА құру міндетін біршама жеңілдетті.
Шығыс Қазақстан облысы әкімінің 1998 жылғы 18 маусымдағы «Катонқарағай табиғи паркін ұйымдастыру туралы» №1-379р өкімі Катонқарағай мемлекеттік ұлттық паркін құру идеясын жүзеге асырудың алғашқы қадамы болып табылады.
Қазақстан Республикасының қолданыстағы заңнамасына сәйкес ЕҚТА құруға арналған құжаттамалық негізді, табиғи -ғылыми және техника-экономикалық негіздемені (ТҒН, ТЭН) дайындау паркті құрудың келесі қадамы болды. Осылайша 1998 жылы «Экосистем» ЖШС Катонқарағай мемлекеттік ұлттық паркін құру туралы жобалық жұмыстарын бастаған болатын. Парктің облысқа бағынатын объект болып жоспарлануы, оның маңызды ерекшелігі еді. 2000 жылы табиғи парктің ТҒН мен ТЭН жобасы дайындалды. Ұлттық парктің бастапқы жоспарланған ауданы 436,7 мың га құрады. Оның құрамына ормандар мен жануарлар әлемін қорғау жөніндегі Берел мемлекеттік мекемесі және Шыңғыстай орманшылығы ормандар мен жануарлар әлемін қорғау жөніндегі Катонқарағай мемлекеттік мекемесінің барлық аумағы енгізілді.
Бірақ Қазақстан Республикасының ғылыми және шығармашылық зиялы қауымы бастапқы шекаралары мен ерекше қорғалатын табиғи аумаққа ұсынылған мәртебені қолдамады. Ғалымдардың пікірі бойынша көрсетілген шекараларда жергілікті маңызы бар паркті құру Қазақстандық Алтайдың ұлттық және халықаралық мәнділігіне сәйкес келмеді.
Өлкенің теңдесі жоқ бірегей табиғатын сақтау, аймақтың экономикасы мен шаруашылығын қайта жаңғыртуды қажетсіну, дәстүрлі ұлттық қолөнерді және ұлттық мәдениетті дамыту бойынша мәселелерді шешу қажеттілігі, оның аумағының қашықтығына және жету қиындығына қарамастан, Катонқарағай мемлекеттік ұлттық табиғи паркін құрудың негізі болып табылды
2001 жылы «Экосистем» ЖШС жоғарыда көрсетілген ұсыныстарды есепке ала отыра ТҒН мен ТЭН әзірлеуді аяқтады. Әзірленген ТҒН мен ТЭН бойынша 2001 жылдың 22 шілдесінде экологиялық сараптаманың №09-1087 және №09-1687 оң қорытындысы алынды. Ұлттық парктің жалпы ауданы 643 477 гектарды құрды.
Қазақстан Республикасының Табиғат ресурстарын және қоршаған ортаны қорғау министрлігінің Орман, балық және аңшылық шаруашылығы комитетімен 2001 жылдың 17 шілдесінде жарық көрген Қазақстан Республикасы Үкіметінің «Катонқарағай мемлекеттік ұлттық табиғи паркін құру туралы» № 970 қаулысының жобасы дайындалды. Бұл күн Катонқарағай мемлекеттік ұлттық табиғи паркінің туған күні болып саналады.
Қазақстан Республикасы Үкіметіне 2003 жылдың 3 шілдесінде Катонқарағай мемлекеттік ұлттық табиғи паркін құрғаны үшін Жабайы Табиғаттың Дүниежүзілік Қоры «Жерге сый» сертификатын табыстады. Бұл мемлекеттің және біздің ғаламшардың биологиялық әртүрлілігін сақтау қызметінде ЕҚТА желісін құру және кеңейтуге қатысты қазақстандық саясат бағытының дұрыстығын дәлелдейді.
